檔案管理對環境監測系統的籌建和發展過程做文獻性記錄，如子站原始設置，包括站號、站名、經緯度、所在大氣功能區、監測項目、子站周圍環境狀況描述等。從環境監測儀器開箱驗收之日起即對儀器的型號、名稱、出廠日期、出廠標識、驗收日期、驗收過程、驗收結果、參與驗收人員、驗收審核及儀器在環境監測系統的編號作詳細的記錄，并保存儀器設備完整的說明書及安裝調試、運行操作規程等。在環境監測儀器使用過程中進行跟蹤記錄，如標定記錄、運行維護記錄、質控記錄等。定期整理、備份環境監測系統完整的原始數據和與原始記錄對應的運行時間記錄，保證環境監測原始數據的完整性和不可更改性，并進行資料的分類整理歸檔。