在進行環境監測系統質量控制的過程中，應該對多元化的環境監測數據進行比較，并且在此基礎上進行準確的校對，這樣才能順利的完成環境監測工作。將整個環境監測過程控制在質量監測體系的范圍中，同時得到進一步的完善，促進質量控制體系的進一步發展。在環境監測系統的應用中，需要嚴格對環境監測任務，將系統控制手段得到進一步的落實。通常情況下，主要采用的控制手段有以下幾種。

一是對環境監測時間以及頻次進行控制；

二是對環境監測數據質量進行控制；

三是對環境監測儀器予以進一步的校正；

四是對環境監測儀器的性能進行審核；

五是對環境監測儀器進行校準；

六是將環境監測的數據審核工作落實。

但是，因在我國環境監測技術規范中并未明確的劃分進行上述操作的明確責任范疇和權限的劃分，在環境監測系統實際操作中很可能會導致責任重疊和責任空白的情況下發生。所以一些針對性的控制手段還需要不斷去完善。